Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Un comité de pilotage (COPIL) est constitué pour chaque site. Le comité regroupe l'ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000: services publics, collectivités, propriétaires, associations, usagers, représentants socio-professionnels, scientifiques...
Le COPIL, présidé par un élu local ou à défaut par le préfet, encadre l'élaboration du document d'objectifs (DOCOB) et suit sa mise en oeuvre. La structure porteuse (l'État ou une collectivité) peut faire appel à des opérateurs ou animateurs.
Le DOCOB fixe les objectifs et définit les mesures de toute nature qui peuvent contribuer à la préservation et, s'il y a lieu, la restauration des espèces et habitats justifiant la création du site.
La démarche Natura 2000 privilégie la participation active des acteurs locaux à travers différents dispositifs de gestion des sites.